Oddělení ekologie
zabezpečuje činnosti na úseku státní správy ochrany ovzduší, státní správu odpadového hospodářství, geologie, ekologické výchovy a EIA, zpřístupňuje informace o stavu životního prostředí a přírodních zdrojů veřejnosti podle zákona č. 123/1998 Sb.
Oddělení vodního hospodářství
zabezpečuje výkon státní správy vodního hospodářství, působí jako speciální stavební úřad pro vodohospodářská díla, zpřístupňuje informace o stavu životního prostředí a přírodních zdrojů veřejnosti podle zákona č. 123/1998 Sb.
Oddělení zemědělství
zabezpečuje činnosti na úseku státní správy ochrany zemědělského půdního fondu,státní správy lesů, státní ochrany přírody mimo území CHKO, dále státní správy myslivosti a rybářství, veterinární péče a rostlinolékařství, zpřístupňuje informace o stavu životního prostředí a přírodních zdrojů veřejnosti podle zákona č. 123/1998 Sb.